Poslovi vezani za klimatske aktivnosti obavljaju se kroz Odjel za zaštitu atmosfere i klimatske promjene u kojem su zaposleni specijalisti različitih tehničkih, biotehničkih i prirodnih struka, osposobljeni i s dugogodišnjom praksom primjene metodologije Međunarodnog tijela o promjeni klime (IPCC) metodologije proračuna emisije i odliva stakleničkih plinova te ugljičnog otiska u ukupnom životnom ciklusu proizvoda i usluga. Proračuni se izrađuju na nacionalnoj razini, za energetska postrojenja, industrijska postrojenja, promet, sektor kućanstva i usluga, gospodarenje otpadom, poljoprivredu te korištenje zemljišta, promjene u korištenju zemljišta i šumarstvo. EKONERG razvija i u svojim uslugama nudi integralni pristup, primjenu cjelovitih rješenja, korištenje informatičke tehnologije. Misija ovog odjela je podržati tranziciju prema konkurentnom niskougljičnom gospodarstvu i stvaranju društva otpornog na klimatske promjene.
EKONERG je započeo s pružanjem poslovnih usluga u području trgovanja emisijskim jedinicama stakleničkih plinova 2005. godine, odnosno iste godine kada je uspostavljen sustav trgovanja emisijskim jedinicama stakleničkih plinova Europske unije (EU ETS – European Union Emissions Trading System).
Od tada pa do danas EKONERG je uspješno završio mnoge projekte i izradio brojne studije, planove i elaborate za nadležna ministarstva i agencije u Hrvatskoj i u državama regije, kao i za predstavnike industrijskog sektora. Stručnjaci EKONERG-a sudjelovali su, između ostaloga, kao predavači u regionalnom programu ECRAN (Environment and Climate Regional Accession Network), RENA (Regional Environmental Network for Accession) te drugim projektima izgradnje kapaciteta.
Zaštita zraka jedna je od djelatnosti u kojoj EKONERG ima najdulje iskustvo. U okviru ovog područja rade se studije meteoroloških istraživanja, proračuni emisija onečišćujućih tvari u zrak primjenom metodologije Izvršnog tijela LRTAP Konvencije (EMEP/EEA), modeliranje onečišćenja zraka urbanih aglomeracija, kompleksnih industrijskih postrojenja, regionalnog onečišćenja, planovi i programi zaštite zraka, ozonskog sloja i sprječavanja onečišćenja zraka. Prostorna raspodjela emisija u EMEP mreži visoke rezolucije izrađuje se za područje države, zona i aglomeracija. EKONERG radi proračune i kartiranje kritičnog opterećenja šumskih ekosustava i površinskih voda, a nacionalno je fokalno središte za integralne modelske procjene u okviru Konvencije o daljinskom prekograničnom onečišćenju zraka.
EKONERG ima dugogodišnje iskustvo u izvještavanju vezano za Okvirnu konvenciju ujedinjenih naroda o promjeni klime (UNFCCC), Kyotski protokol, Štokholmsku konvenciju, Konvenciju o prekograničnom onečišćenju zraka (LRTAP), izvješća prema zahtjevima EU direktiva, Eurostat izvješća. U projektima jačanja kapaciteta u provedbi klimatske politike i međunarodnog izvještavanja, pružaju se usluge na međunarodnoj razini, državnim institucijama i gospodarskim korporacijama. Na lokalnoj razini EKONERG daje potporu gradovima u izradi Održivih energetskih i klimatskih akcijskih planova (SECAP) i provođenju lokalnih Agenda 21. Kvaliteta usluge je u dubokom poznavanju međunarodne metodologije za izračun emisija IPCC-a i EMEP/EEA s integralnim pristupom u rješavanju problema klimatskih promjena i zaštite zraka. Stručnjaci EKONERG-a uključeni su pregovaračke timove na međunarodnim konvencijama, protokolima i bilateralnim pregovorima s Europskom komisijom.