Usluge iz ovog područja obavlja Odjel za zaštitu okoliša i održivi razvoj, u uskoj suradnji s Odjelom za zaštitu atmosfere i klimu. U odjelu radi multidisciplinaran tim različitih prirodnih i tehničkih struka sa snažnom potporom tehničke i informatičke kompetencije ostalih odjela EKONERG-a.
Usluge se odnose na kompleksne i specifične poslove iz područja zaštite okoliša i prirode te održivog razvoja, od pripreme strategijskih i planskih dokumenata i studija, do konzultantskih usluga u fazi pripreme izgradnje, korištenja te prestanka rada energetskih, industrijskih, komunalnih i ostalih infrastrukturnih zahvata. Odjel pruža i usluge u području nuklearne sigurnosti i poslove vezano za zbrinjavanje radioaktivnog otpada.
Za pripremu zakonom propisanih dokumenata zaštite okoliša i prirode EKONERG ima ovlaštenja ministarstva nadležnog za zaštitu okoliša u Republici Hrvatskoj.
Odjel za zaštitu okoliša i održivi razvoj ima tri desetljeća iskustva, s razvojem kompetencija koje su bile pionirskog karaktera u Republici Hrvatskoj. Odjel je radio prve studije o utjecaju na okoliš, prva modeliranja onečišćenja zraka, prve studije kartiranja kritičnog opterećenja šumskih ekosustava i površinskih voda, prvo izvješće za Okvirnu konvenciju Ujedinjenih naroda o promjeni klime (UNFCCC), prvo izvješće o emisijama za Konvenciju o daljinskom prekograničnom onečišćenju zraka (LRTAP), prva energetsko-okolišna optimiranja urbanih sredina, prve analize sigurnosti nuklearnih postrojenja i odlaganja radioaktivnog otpada.
Najveći broj referenci EKONERG-a odnosi se na projekte i studije najznačajnijih i najvećih energetskih i industrijskih postrojenja u Republici Hrvatskoj.
EKONERG radi na projektima zaštite zraka, na projektima zaštite prirode, Natura2000 područja, projektima zaštite vodnih resursa, kao i na projektima umrežavanja, vidljivosti i informiranja. Veliki broj referenci odnosi se i na održivo gospodarenje otpadom s misijom trajne podrške izgradnji kružnog gospodarstva.