Unutar Odjela djeluju ispitni laboratorij (za mjerenje kvalitete zraka i emisija onečišćujućih tvari u zrak, umjerni laboratorij za umjeravanje i ispitivanje analizatora za mjerenje kvalitete zraka i analizatora dimnih plinova te laboratorij za organizaciju međulaboratorijskih ispitivanja (www.ekonerg-laboratorij.com). U suradnji s renomiranim proizvođačima mjerne opreme (HORIBA GmbH, Austrija, AIRMOTEC AS SA, Francuska, Leckel GmbH, Njemačka itd…) EKONERG uspostavlja automatske mjerne postaje za praćenje kvalitete zraka.